Las rutas comerciales de la colonia
España estableció un monopolio comercial controlado a través de rutas comerciales que no podían ser cambiadas. Los puertos más favorecidos: La Habana, Veracruz, Portobelo y Cartagena.
El intenso tráfico de mercancías de ida y vuelta entre España y sus colonias, quedó limitado a una ruta específica. En general desde América salían materias primas y desde España volvían manufacturas. El puerto favorecido para este comercio en España era Sevilla. Allí la Casa de Contratación revisaba todos los embarques que iban y venían de América. Los únicos destinos permitidos eran los puertos de Veracruz en el caribe mexicano, Portobelo en el istmo de Panamá y Cartagena en la costa Atlántica de la actual Colombia. Y como lugar de salida estaba el puerto de La Habana. Estas ciudades eran la sede de grandes ferias y también de grandes asaltos por parte de piratas, por lo que hubo que fortificarlas. A través de Portobelo salían las mercancías de sudamérica, luego de cruzar por tierra el istmo de Panamá provenientes de Ciudad de Panamá.
El puerto de Callao, cerca de Lima, era el único que podía ser usado para llevar mercancías a Portobelo, a través de Ciudad de Panamá. A su vez Callao recibía las mercancías de los pequeños puertos que estaban a lo largo de la costa Pacífico de la colonia chilena. Es decir si un comerciante de la ciudad de Santiago decidía enviar algo a Madrid, España, tenía que transportar por tierra las cosas hasta Valparaíso. Allí son embarcadas hasta Callao. Luego reembarcadas hacia ciudad de Panamá. Otra vez recorrido por tierra para cruzar el istmo, entonces embarcadas en Portobelo hacia La Habana y de ahí a Sevilla, y nuevamente por tierra hasta Madrid. El transporte demoraba al menos seis meses, y no podía hacerse en cualquier época del año.
En 1671 el pirata Henry Morgan, al mando de más de 1400 hombres asaltó ciudad de Panamá, la cual se incendió para evitar el saqueo. Esto ejemplifica el peligro del transporte de mercancías que existía en esa época. Por eso la Corona española tomaba varias precauciones, siendo la más notable el transporte en grandes convoyes de naves, conocidas como «galeones» si eran de guerra y como «carracas» si eran de carga. Creado por Felipe II en el siglo XVI este sistema de flotas se diseñó para que anualmente se realizaran las travesías. De esta manera dos flotas salían desde Sevilla, una rumbo a Veracruz, y la otra hacia Portobelo o Cartagena. Traían no solo manufacturas si no que también esclavos. Después ya cargadas con los valiosos minerales de América, se juntaban en La Habana para hacer el viaje de retorno. Pero los problemas burocráticos, por los controles en cada punto de embarque, llevaron a que muchas veces se atrasaran las salidas, llegando a veces distanciarse por tres años un embarque y otro. La ausencia de productos manufacturados en las colonias provocó un estímulo para los contrabandistas, que de nacionalidad inglesa, holandesa y francesa recorrían las costas americanas.
El sistema de flotas fue exitoso. En los dos siglos que funcionó solo tres flotas fueron capturadas por piratas o por la versión legal de estos: «los corsarios». Varias naves se hundieron como consecuencia de las tormentas tropicales, y actualmente son el objeto de búsqueda de miles de buzos marinos. Muchas veces los tesoros encontrados superan lo declarado oficialmente como transportado, debido a que se estaba obligado a pagar al Rey un quinto de lo traído desde América. Las flotas dejaron de usarse cuando los envíos de oro y plata comenzaron a disminuir, en la segunda mitad del siglo XVIII.