Chile entrega la Patagonia a Argentina.
En 1881 Chile presionado por encontrarse en guerra contra Perú y Bolivia, debió aceptar la entrega a Argentina de la Patagonia, una amplia y rica región.
Al finalizar el gobierno de Aníbal Pinto y al iniciarse el de Domingo Santa María, estando ambos de acuerdo, se decidió aceptar las presiones de Argentina en cuanto a la «cesión» de parte de Chile a Argentina del territorio conocido como «Patagonia». Este territorio es una llanura con bajo nivel de lluvias, pero muy frío. Aparentemente a decir de los «expertos» de ese tiempo, como Diego Barros Arana y Benjamín Vicuña Mackenna, este territorio no tenía potencial agrícola, y no había en ella minerales valiosos, pues estos siempre están asociados a cadenas montañosas. Ellos se basaban en los escritos del entonces muy prestigioso científico inglés Charles Darwin, el cual conoció la Patagonia siendo muy joven y sin los conocimientos suficientes como para hacer un trabajo muy prolijo, tal como él mismo lo reconoce en sus escritos. No se dio a conocer, por lo tanto, el potencial ganadero, especialmente ovino, que inmigrantes argentinos ya explotaban, ni tampoco pudo suponerse que por ser una llanura de antigua formación era probable que en su subsuelo hubiera petróleo, tal como durante el siglo XX se comprobó al descubrirse varios yacimientos. Muy tibiamente algunos chilenos se habían instalado en la Patagonia, sobre todo en las cercanías del lago Nahuelhuapi. En 1878 las fuerzas armadas argentinas desalojaron a chilenos desde Santa Cruz, y solo no hubo guerra debido a que ya estaban los intereses puestos en una guerra contra Bolivia. Al iniciarse el conflicto de Chile contra Bolivia y Perú, en 1879, el Presidente argentino General Julio Roca inició la llamada «campaña del desierto» en que se movilizaron argentinos para ocupar la Patagonia.
Chile estaba en guerra contra Perú y Bolivia, y si bien es cierto estaba virtualmente ganada, era necesario destinar tropas de ocupación para evitar una insurgencia que finalmente nos obligara a perder los territorios conquistados. La ocupación de las salitreras se financiaba por sí mismas dadas las riquezas de esos lugares. Una guerra contra un tercer país era también posible de ganar, pero dada la extensión de Argentina era imposible mantener una fuerza de ocupación. El Presidente Aníbal Pinto decidió en 1881 firmar un Tratado de Límites con Argentina. Dado que restaba poco tiempo para que terminara su periodo presidencial, en la redacción del acuerdo participa el futuro Presidente Domingo Santa María.
El 23 de julio de 1881, en Buenos Aires, Francisco de B. Echeverría, Cónsul General de Chile en Buenos Aires, representando al Estado de Chile, y Bernardo de Irigoyen, Ministro de Relaciones Exteriores de la Argentina, representante al Estado de Argentina firman un Tratado de Límites. Éste fue ratificado el 23 de octubre de mismo año. En el acuerdo se establecen los límites fronterizos entre ambos países. En la mayor parte del territorio es muy simple: la frontera pasa por las más altas cumbres de la cordillera de los Andes que dividen aguas. En general las aguas que nacen en la cordillera van hacia el Oriente, territorios que serían argentinos; o van hacia el Occidente, territorios que serían chilenos. Previniendo conflictos por los lugares en los cuales esa situación no es tan clara, como en Palena, se acordó que siempre se llamaría a un arbitraje internacional. Respecto del extremo sur se establecen otras normas, debido a que la cordillera se hunde en el mar. El Estrecho de Magallanes será íntegramente chileno, pero se autorizará el libre tránsito. En la aplicación de esta normativa finalmente se agregó un benefició para Chile: cobrar por un piloto «práctico», un experto para navegar a través del estrecho. La isla de Tierra del Fuego será compartida entre ambos países, estableciéndose el meridiano 68° 34′ como frontera. Esta línea recta no consideró para nada las rutas que recorrían los habitantes originarios de la isla, los Selknam. La isla de Los Estados será sólo para Argentina, y todas las islas ubicadas al sur del canal Beagle serán solamente chilenas. La interpretación de esta última norma dio origen al conflicto «casi-guerra» de 1978.
La Patagonia no tenía límites claros, por lo tanto las pérdidas territoriales se debaten entre 700 mil y un millón kilómetros cuadrados, es decir como el tamaño del Chile continental actual.