Conquista de Chile
Económicamente la expedición de Almagro fue un fracaso y por ello en Perú no se comprendían los motivos que llevaron a Pedro de Valdivia a pedir autorización para dirigirse a territorio chileno.
Pedro de Valdivia, luego de grandes esfuerzos, consiguió reunir a poco más de una docena de soldados españoles y los elementos básicos para poner en marcha a una empresa de conquista. Para conseguir su objetivo Valdivia invirtió toda su fortuna personal y recurrió a una serie de préstamos. Valdivia salió del Cuzco en los primeros días de enero de 1540 y siguió el camino del inca, a través del Desierto de Atacama. En diciembre del mismo año, Valdivia y sus hombres llegaron al valle del río Mapocho y el 12 de febrero de 1541 fundó la ciudad de Santiago del Nuevo Extremo.
Siguiendo la costumbre y las tradiciones Valdivia llamó a los ciudadanos de la naciente ciudad a un cabildo, el que se puede considerar la primera institución política que existió en Chile. Esta organización, pocos días después de ser convocada, ofreció a Valdivia el cargo de gobernador de Chile en nombre del rey y éste aceptó sólo de forma provisoria, hasta ser confirmado por la corona española. Se estima que el cabildo solicito lo anterior a Valdivia persuadidos por la guerra civil que vivía Perú y por el riesgo que significaba que esto para la confirmación de las encomiendas y las mercedes de tierra.
Con el objetivo de hacer rentable la conquista de Chile, los españoles iniciaron la explotación del lavadero de oro de Marga Marga; además comenzaron la construcción de un barco para hacer más fluido el contacto con Perú. Ocupados en estas labores, los pobladores locales comandados por el cacique Michimalonco, sorprendieron a los conquistadores y atacaron la ciudad de Santiago; al mismo tiempo, otro grupo de indígenas cayó sobre los soldados que construían el barco y lo destruyeron. El resultado fue la destrucción de Santiago.
Valdivia dio la orden de reconstruir inmediatamente la ciudad, aunque la situación de los españoles se hacía cada vez más difícil. Para remediar la precaria situación, Valdivia envió al Perú a Alonso de Monroy en busca de refuerzos y abastecimientos; luego de un año y medio llegaron los refuerzos, en la nave Santiaguillo que venia a cargo de Juan Bautista Pastene, quién comunicó a Valdivia de la guerra civil que se desarrollaba en Perú, además de la llegada al territorio chileno del licenciado Pedro León de la Gasca quién se le había comisionado para someter a la población local rebelde.
Como forma de aligerar las comunicaciones con Perú, Pedro de Valdivia mandó en 1544, a Juan Bohón a levantar la ciudad de La Serena. Al mismo tiempo, los acontecimiento peruanos obligaron al gobernador a dirigirse hacia Cuzco con la intención de ponerse al servicio del rey; una vez en territorio peruano, Valdivia se puso a los ordenes de De la Gasca y enfrentó a los hermanos Pizarro, a quienes derrotó y por ello fue confirmado en su cargo en el año 1548.
A su vuelta a Chile, Valdivia decidió emprender la conquista del sur del territorio y salió en una nueva campaña, en medio de la cual fundó las ciudades de Concepción (1550), La Imperial (1552), Valdivia (1552) y Los Confines (1553), además de los fuertes de Arauco, Tucapel y Purén. Por su encargo se fundaron otras ciudades como Villarrica y se refundo La Serena, y Francisco de Aguirre exploró la región de Tucumán, fundando Santiago del Estero en 1553.
La prolija fundación de ciudades tuvo como consecuencia para las fuerzas de Valdivia un evidente estado de dispersión, hecho que las debilitaba progresivamente. A raíz de ello los araucanos, a quienes se creía erradamente sometidos, prepararon una ofensiva que estalló en 1553 bajo la conducción de Lautaro y que se conoce como el primer levantamiento general indígena en territorio chileno. En este ataque el fuerte de Tucapel fue atacado y Valdivia, quién acudió en su ayuda, fue emboscado los araucanos en el camino y termino muerto junto al resto de soldados que le acompañaban.
Luego de la muerte de Valdivia y hasta 1557 se desarrolló un confuso panorama entre las huestes valdivianas, puesto que tres compañeros (Rodrigo de Araya, Francisco de Villagra y Francisco de Aguirre) de Valdivia se enfrascaron en un conflicto para quedarse con el poder. Esta lucha intestina fue aplacada por Villagra, quién además, hizo frente a nuevos ataques de los araucanos.
En 1557 llegó a Chile el gobernador García Hurtado de Mendoza, el que casi de inmediato removió de sus puestos a los antiguos conquistadores y dio comienzo a una campaña destinada a pacificar el territorio. A pesar de los una serie de éxitos iniciales, Hurtado no concluyó definitivamente la guerra con los rebeldes; sin embargo, repobló Concepción, y reconstruyó el fuerte de Tucapel y fundó Cañete en 1558. En medio de su avance hacia el sur logró llegar hasta el Seno de Reloncaví, y a su regreso fundó la ciudad de Osorno en 1558 y por encargo suyo el capitán Pedro del Castillo atravesó la cordillera y fundó Mendoza en 1561. Hurtado de Mendoza gobernó hasta 1561.
Le sucedieron en el cargo los gobernadores Francisco de Villagra (1561-1563), Pedro de Villagra (1563-1565), Rodrigo de Quiroga (1565-1567 y 1575-1581), la Real Audiencia de Concepción y su presidente Melchor Bravo de Sarabia (1567-1575), Martín Ruiz de Gamboa (1580-1581), Alonso de Sotomayor (1583-1592) y, por último, Martín García Óñez de Loyola (1592-1598). Todos estos gobernadores tuvieron como principal objetivo poner término definitivo al conflicto de Arauco, aunque no pudieron avanzar demasiado.
El gobierno de Óñez de Loyola debió enfrentar un levantamiento indígena de carácter general, y de hecho terminó muerto en combate en el denominado desastre de Curalaba, acaecido en 1598. Luego de este levantamiento el territorio araucano se tornó prácticamente intraspasable y los españoles debieron equipar un ejército profesional para enfrentar a los mapuches sublevados. El desastre de Curalaba marca el fin de la etapa de conquista en Chile y señala el comienzo de la Colonia.