Presidente José Joaquín Pérez
El gobierno de José Joaquín Perez otorga libertad religiosa, enfrenta una guerra contra España, otra contra los mapuches y vive la oposición del Partido Radical.
En el gobierno que finaliza en 1861, se habían dado grandes divisiones en el partido conservador. Un grupo estaba completamente en línea con la Iglesia Católica y otro quería que la República se impusiera por sobre la Iglesia. Ese clima favoreció a la generación de acuerdos entre los sectores opositores al gobierno de Manuel Montt, que se vio reflejada en la creación de la fusión liberal conservadora. En 1861 las elecciones presidenciales son ganadas por José Pérez, un miembro del partido Nacional, el candidato «de acuerdo» de la fusión liberal conservadora.
Problemas internacionales.
Su gobierno comenzó con una preocupación en el plano internacional. España había ocupado las islas Chincha pertenecientes a Perú. La posibilidad que España estaba reconstruyendo su antiguo imperio hizo mover las finanzas del país hacia una posible guerra. La solidaridad con Perú se manifestó concretamente en 1864, en una reunión en que participaron Chile, Bolivia, Ecuador, Colombia, Venezuela y Argentina, acordándose la unidad frente a los españoles. Chile decidió no vender carbón a la flota española. En 1865 España exigió a Chile la rendición de honores. La respuesta del Presidente Pérez fue la declaración de guerra. En noviembre de ese año es el primer combate naval, en Papudo , en que el capitán John Williams al mando de «La Esmeralda» logra capturar para Chile a la goleta española «La Covadonga». Ambos barcos tendrán días de gloria en mayo de 1879. A principios de 1866 Chile comienza a consolidar su dominio en el mar, por lo que los españoles deciden intentar un gran golpe que les diera el triunfo. El 31 de marzo de 1866 fue bombardeado Valparaíso. El aviso previo del ataque dio tiempo a la gente del puerto para encontrar un refugio, huyendo hacia los cerros. Las víctimas fueron solo dos personas pero los daños causados por España se consideran como cuantiosos, sobre todo los edificios portuarios. Sin embargo, la escuadra española no tuvo donde reaprovisionarse, pues en cada puerto latinoamericano eran rechazados. Sin alternativa, debieron retirarse. Nunca más lo volvió a intentar España.
En otro asunto internacional se firmaron en 1866 con Bolivia acuerdos limítrofes. El problema venía del tiempo de la colonia, pues se hablaba de una frontera ubicada «en el despoblado del desierto de Atacama». Al independizarse ambos países poco importó fijar una frontera. Pero cuando las riquezas de la zona, en forma de guano y salitre se convierten en una realidad, las discusiones entre Chile y Bolivia comenzaron. La frontera quedó establecida en el paralelo 24° que pasa un poco al sur de Antofagasta. Un acuerdo adicional creaba una zona de explotación económica compartida, entre los paralelos 23° y 25°.
Pacificación de la Araucanía.
Durante el gobierno de Perez se decide ocupar las tierras de los mapuche, que en Chile son conocidas como la Araucanía. El motivo original era capturar a un francés, Orelie Antoine de Tounens, quien se había proclamado rey de la Araucanía. Las tropas chilenas comandadas por Cornelio Saavedra lograron capturar al «rey» y deportarlo a Francia. De paso el ejército logró fácilmente ocupar las tierras entre el río Biobío y el Malleco. La invasión de Chile a las tierras mapuche fue conocida por un siglo como la «pacificación de la Araucanía», concepto erróneo asociado a la idea que los nativos vivían de forma salvaje.
Luchas políticas.
En el plano Constitucional hubo en 1865 una interpretación de una norma, que dejó establecida la libertad de religión en recintos privados, lo que incluía templos y escuelas particulares. Se mantuvo la religión católica como la oficial del Estado. Y se hizo una reforma constitucional en 1871 consistente en la prohibición de reelegir al Presidente en ejercicio. El trabajo del Presidente Pérez tuvo una creciente oposición que tomo forma en la creación del partido radical. Uno de los líderes opositores fue Pedro León Gallo, un retornado del exilio, gracias a la amnistía del Presidente Pérez. Los radicales querían una serie de reformas constitucionales, y aunque una parte del gobierno deseaba lo mismo, el proceso no podía acelerarse: la Iglesia Católica seguía siendo muy poderosa.